Ζητήματα που σχετίζονται με τη διοίκηση και οργάνωση της εκκλησίας, τις εξωτερικές προκλήσεις και τις εσωτερικές διενέξεις, που την ταλάνισαν κατά την πρώτη χιλιετία, εκτέθηκαν ήδη επιλεκτικώς στον Α τόμο της Εκκλησιαστικής Ιστορίας. Ακολουθώντας το νήμα της ιστορικής  διαδρομής της και έχοντας ως αφετηρία τη διακοπή των κανονικών εκκλησιαστικών σχέσεων  Ανατολής – Δύσης με το σχίσμα του 1054, ο ανα χείρας τόμος αναλώνεται στα σημαντικότερα συμβάντα που σημάδεψαν τη μετέπειτα πορεία της και διαμόρφωσαν τη σύγχρονη κατάσταση του κατακερματισμένου χριστιανικού κόσμου . Μέσα από την επιστημονική διερεύνηση αυτών δίνεται η δυνατότητα επισήμανσης και βαθύτερης κατανόησης των συνθηκών και παραγόντων που συντέλεσαν στη διάσπαση της εκκλησιαστικής ενότητας και έκτοτε στην αποτυχία των προσπαθειών που αναλήφθηκαν για την αποκατάσταση της. Προσδιορίζονται, επίσης οι διαφορές των εκκλησιαστικών παραδόσεων μεταξύ των Ορθόδοξων, των Ρωμαιοκαθολικών και των Προτεσταντών οι οποίες αποτελούν σημεία συνεχούς τριβής και έντασης  στις μεταξύ τους σχέσεις, προσλαμβάνοντα κατά καιρούς εκρηκτικές διαστάσεις  με την εκδήλωση ακραίων φαινομένων μισαλλοδοξίας, με αποτέλεσμα οι πληγές του παρελθόντος να παραμένουν ακόμη μέχρι τις μέρες μας χαίνουσες.